内镜中心由呼吸与危重症医学科主任直接领导，早在90年代就已经开展气道内介入治疗，拥有一支经过多年培训、经验丰富的专业医护团队。配备日本Olympus BF-260系列电子支气管、荧光及超声支气管镜、胸腔镜、德国ERBE氩气电刀及CO₂冷冻治疗仪、德国STORZ硬质支气管镜等非常完善的呼吸内镜介入治疗设备。场地设施、内镜洗消设备完善，拥有4间独立诊疗操作室，年完成支气管镜、胃镜诊疗超过1000例次。同时与急诊和RICU密切配合，完成多例疑难、急、危、重症的内镜介入治疗，如气道内肿瘤切除术、良性气道狭窄等冷冻治疗和球囊扩张术、气道内支架置入术、全肺灌洗术，气道内异物取出及其引起增生肉芽清除、哮喘患者气道内痰栓继发肺不张治疗等。并开展了超声支气管镜-经支气管镜针吸活检技术(EBUS-TBNA)、无痛气管镜等诊断、治疗的新技术。